Vector NTI序列比对软件

Vector NTI序列比对软件是一款非常好用的实验设计软件，能够帮助用户轻松进行各种实验的设计，有效的减少了试验次数，优化实验结果，使用起来十分方便快捷，感兴趣的朋友不要错过了，欢迎大家下载体验。

软件特色

从AlignX出口分子

在文本窗格中选定的分子可以出口到GenBank、EMBL(GenPept蛋白质)(SWISS-PROT蛋白质)，或为原序列fasta文件。若要将分子导出到外部文件，请选择项目>导出分子，并在“文件保存”对话框中选择文件类型。

得分矩阵-- AlignX

设计成对序列比对评估的所有算法都是基于将分数分配给对齐残基的系统，检测不同序列之间的相似性。众所周知，某些氨基酸在其他相关蛋白质中很容易被其他氨基酸取代，这可能是因为它们具有相似的理化性质。根据氨基酸被替换为原始残基的相似性，这些“替换”被分配在矩阵中显示的分数。在对齐分数上相同或相似的残留物比那些不太相似的残留物高

比对pcr分析报告

当搜索完成时，如果您在结果选项卡上检查了生成报告选项，则对齐PCR报告预览窗口显示分析结果。比对PCR分析报告对话框的外观和功能类似于多重PCR分析报告对话框。

关于点阵

点阵分析主要是比较两个序列来寻找所有可能的残基匹配的方法。该方法还可用于蛋白质和DNA序列中的直接或反向重复序列。它可以预测RNA中自我互补的区域，从而形成双链区或二级结构。

分析bioannotator

bioannotator是一套全面的蛋白质和核酸序列分析工具，超过五十种不同的预定义的蛋白表与特征映射和序列提供。bioannotator还提供以下先进的搜索和分析工具，它是运行在分析监控：PROSITE，Pfam，块和蛋白水解裂解。

通过Web执行分析

Vector NTI使得它很容易把你的alignx数据直接到公共网站已经建立了一个分子的三维结构，比较它与其他分子，特定功能的搜索，或进行基因预测，等等。

软件功能

分析GenomBench

genombench是Vector NTI提前的基因组项目的主力。genombench可以容纳一个碱基的基因组片段，可以检索从兼容的系统兼容的服务器上的数据，例如UCSC和Ensembl。它提供了浏览和查询这些网站使用关键词，界面两侧标记，BLAT(UCSC数据库)或SSAHA(的)。genombench还提供以下先进的搜索和分析工具，它是运行在分析监控

对分子序列的操作

我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析;最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。

对齐显示设置——Consensus Calculation Tab

一致性序列是一个理论上有代表性的核苷酸序列，其中每个核苷酸代表在同一位点上在同一位点上经常看到的残基，或由其他标准选择。“对齐设置”对话框中的“一致性计算”选项卡指定如何以对齐方式计算对齐窗格中作为底部序列的一致序列。

以点击作为特征输出查询分子

当您导出查询显示为特征的分子打成。GFF文件，使用点击功能GFF文件命令导出查询分子保存。GFF文件到外部位置(硬盘、软盘、网络等)。你可以打开一个。在一个Vector NTI分子视窗GFF文件并将其保存到Vector NTI数据库，如果需要的话。。GFF文件提供一个共享查询爆破方法打信息与其他Vector NTI用户分子格式。

模拟电泳

模拟电泳是指对DNA片段进行酶切分析后，通过电脑模拟电泳过程，将酶切片段分离。该功能有利于评估电泳时间，便于验证实际电泳结果的好坏。

使用说明

（一）导入外源序列的方法

点击Project菜单中Add Files命令，选择需要比较的序列文件，点击打开按钮，确认是DNA/RNA还是Protein Sequence后，点击Import按钮就可以完成序列的导入任务。

（二）以演示Project来讲述AlignX的使用

1．选择Project菜单Open命令，找到Vector NTI的Demo Projects文件夹，打开DNA.apr文件；

2．在文本窗口中，使用鼠标左键双击任一文件名，就可以得到该文件的所有基本信息；

3．建立一个新的比较策略并进行比较：

①在文本窗口中，按住Ctrl键选中四个序列：AF××××

②点击Alignment菜单中Alignment Setup命令，出现Alignment Setup对话框，在此对话框中有30个选项来确定最终比较结果展示方式，这里我们使用默认值即可。

③点击Alignment菜单中的Align Selected Sequence命令，片刻后程序完成比较并给出结果和进化树；

④在View菜单中，我们可以通过Edit Alignment命令来编辑比较结果，使用Display Setup命令来改变结果的展示方式和颜色等。

4．结果的导出：

①进化树的导出：激活进化树窗口，点击工具栏中的Export Tree按钮即可将进化树保存为.Ph文件，并可被其他树编辑软件所识别。或者点击Edit菜单中的Camera命令，将图像保存到剪贴板后在Word等文档编辑软件中粘贴；

②序列比较结果的导出；点击Project菜单中的Export MSF Format命令，将结果保存为.msf文件后，用GeneDoc打开进一步进行编辑和修饰。