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MEGA 7是来自国外的一款操作便捷,功能强大的分子进化遗传分析软件,全称:Molecular Evolutionary Genetics Analysis。它是一款专业的进化树软件,用于分析来自物种和种群的DNA和蛋白质序列数据,可用于序列比对、进化树推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
MEGA 7是来自国外的一款操作便捷,功能强大的分子进化遗传分析软件。非常适合生物学家和科研人员轻松进行进化分析和分子鉴定。软件功能齐全,界面简单直观,新版本带来了更多的功能和改善,增加了了向导式系统,用于识别树中的基因复制事件。并且重新考虑树资源管理器,以便可以显示多达100k类群的树。Timetree系统用于估计系统发育中所有分支点的相对和绝对发散时间(Tamura等人,2012)等等。有需求的用户请下载这款MEGA 7进化树软件。
1、【序列分析】
系统发育推论
型号选择
约会和时钟
祖传国家
选择和测试
序列比对
2、【统计方法】
最大似然
距离方法
普通最小二乘
最大的简约
复合似然
贝叶斯
3、【强大的视觉工具】
对齐/跟踪编辑器
树探索者
数据探索者
传奇发电机
基因复制向导
时间树向导
1、首先根据提示安装好软件之后,准备需要建树的序列,并将序列保存为fasta格式。
2、打开MEGA7,点击Align--Edit/built Alignment,选择Create a new alignment,点击ok。
3、打开刚刚保存下来的fasta序列。
4、点击Alignment –Align by ClustalW ,选择所有序列,出现下图,参数根据需求修改,在这我们就直接选择默认,点击ok。
5、比对完成后,点击Data –Phylogenetic Analysis,出现下图坐标箭头指向的两个按钮。
6、点击Phylogeny,有5个构建进化树的方法,一般选择MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(邻接法)和Minimum-Evolution(最小进化法)方法,在此选择选择Neighbor-Joining(邻接法)建树。
7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果,根据自己的需求对树进行修饰。